Nach einer Erhebung der Arbeitsgemeinschaft Qualitätsmanagement Biodiesel e. V. (AGQM) war das Transportgewerbe im vergangenen Jahr mit einem Gesamtabsatz von 1,25 Mio. Tonnen Biodiesel der wichtigste Kunde für die deutsche Biodieselwirtschaft. Experten gehen davon aus, dass durch den steuerbegünstigten Preis von Biodiesel in erheblichem Maße Tanktourismus im Ausland vermieden wurde. Zweitwichtigster Biodieselkunde war 2006 die Mineralölindustrie, die etwa 1 Mio. Tonnen Biodiesel für die Beimischung zu konventionellem Diesel einsetzte. Die weitere Entwicklung des Biodieselabsatzes wird bereits heute durch die von der Bundesregierung eingeführte stufenweise Besteuerung von reinem Biodiesel erheblich behindert. Die im Januar 2008 anstehende nächste Steuerstufe, die reinen Biodiesel um sechs Cent verteuern wird, dürfte diesen Absatzweg für Biodiesel noch stärker treffen.
Die Produktionskapazitäten für Biodiesel werden Ende 2007 bei über 5 Mio. Tonnen angelangt sein. Die Beimischung von Biodiesel zu konventionellem Diesel, die durch das Biokraftstoffquotengesetz vorgeschrieben ist, kann diese Kapazitäten mit 1,5 Mio. Tonnen nur zu einem geringen Teil auslasten. Die Biodieselwirtschaft fordert daher von der Bundesregierung Änderungen bei der Steuerpolitik, um den Markt für reinen Biodiesel nicht zu verlieren. Dies wäre auch aus Klimaschutzgründen fatal, da die Produktionskapazität ausreicht, um heute bereits 16 Prozent (energetisch) des Dieselbedarfs in Deutschland zu ersetzen. Diese Menge genügt, um sofort etwa 12 Mio. Tonnen fossiles CO2 im Straßenverkehr einzusparen.
Annähernd 50 Prozent der deutschen Produktionskapazitäten für Biodiesel werden durch Mitglieder der AGQM gedeckt. Die Arbeitsgemeinschaft hat seit ihrer Gründung im Jahr 1999 das Qualitätssicherungssystem für Biodiesel stetig ausgebaut. Einbezogen sind Biodieselhersteller, Händler und über ein Markenlizenzsystem 1.300 der insgesamt 1.900 öffentlichen Tankstellen.